Solitamente esistono dei sistemi di controllo aventi la funzione di garantire che il sistema immunitario non reagisca verso le proteine e le cellule proprie dell'organismo (auto-antigeni). In alcuni pazienti, in caso di alterata regolazione del sistema immunitario, la tolleranza nei confronti di alcuni auto-antigeni può venire compromessa con conseguente danno ai tessuti propri dell'individuo indotto erroneamente dai linfociti T e B autoreattivi.
La sclerosi multipla è un esempio di tali malattie "autoimmuni".
