Az immunrendszer egyes mechanizmusai meggátolják az egyén saját fehérjéi és sejtjei (auto-antigének) ellen kialakuló immunválaszt (tolerancia). Néhány beteg esetében az immunrendszer szabályozása zavart szenved, a saját antigénekkel szembeni tolerancia károsodik, az autoreaktív T- és B-sejtek tévedésből az egyén egészséges szöveteit károsítják.
A sclerosis multiplex is egy ilyen autoimmun betegség.
