Gewoonlijk wordt gecontroleerd of het immuunsysteem niet reageert op iemands eigen eiwitten en cellen (auto-antigenen). Wanneer het immuunsysteem ontregeld is, verdragen sommige patiënten niet langer bepaalde auto-antigenen en worden eigen lichaamsweefsels door autoreactieve T- en B-cellen bij vergissing beschadigd.
Multiple sclerose is zo'n ‘auto-immuunziekte'.